在体制和机制上，“十二五”必将沿着“十一五”开创的创新之路继续走下去。在“十一五”期间，重庆在户籍制度、公租房、金融中心、要素市场建设等方面，可谓成效斐然。
其中，最显著的当属户籍制度改革。
和此前做过类似尝试的其他地区比较，重庆最大的创新在于，农民转户进城后，他们的宅基地、林权地和承包地允许3年内保留，且转户农民还享受种粮直补、农机具补贴等与土地相结合的惠农政策。
对此，重庆市长黄奇帆打了一个形象的比喻：城市户口上捆绑了养老、医疗、教育、住房、就业“五件衣服”，农村户口则捆绑了宅基地、林地、承包地“三件衣服”。为了给转户农民保暖，穿上城里的“五件衣服”时，先可不脱掉农村的“三件衣服”。
黄奇帆说，农民进城落户，关键问题绝不仅是转一个户口本的问题，更重要的是解决他们的社保体系。重庆的全面改革，将建立相应的土地、住房、社保、教育、卫生等方面17项配套机制。这样，进城农民进可以在城市落地生根，退可以返回农村从头再来，这就最大程度解决了农民进城的后顾之忧。
农民转户后，能不能找到工作，这是关系到转户实际效果。按照黄奇帆的设想，重庆今年的工业产值将过万亿元，未来将以20%-30%的速度增长，基本上3—4年翻一番，到2020年，工业总产值将达到4万亿元水平。工业总产值净增3万亿元，可创造500万—600万个就业岗位。而有五六百万工业人群就有五六百万服务人群，也就是说重庆今后会增加1000万左右的就业岗位。
在实现了农转非并解决了就业问题后，住房如何满足，重庆已经开建的公租房提供了答案。
而另一方面，重庆大力扶持微型企业、发展中小企业也为稳保户改成果提供了支撑。但如何扶持微型企业、发展中小企业，又涉及到一个新问题：都需要良好的金融环境和发达的资本市场。
近年来，重庆的银行不良贷款率从2001年的30%降低到1.2%以内，成为全国金融生态最好的地区之一。正是基于此，全国各地的银行等金融机构将资源带到重庆，使重庆的银行、证券等业务量快速上升，其中银行贷款余额的年增长速度，几乎超过全国年平均增长水平5个百分点。重庆金融企业资本回报率达到20%左右，高于全国15%的平均水平。
从世界发达国家的经验看，成就金融中心的，还有资本市场的重要一级要素市场。
此前，重庆共成立了农畜产品交易所、农村土地交易所、联合产权交易所、股份转让中心、药品交易所、航运交易所。“六朵金花”相继亮相开业，仅用了9个月时间。六大交易所的成立，使重庆及周边省市的资源到重庆来交易，并因此吸引来了大批购买这些资源的投资人，这使重庆成为投资人和各种资源的集聚地，进而对周边省市的经济发展形成辐射带动。
