这些负面影响概括起来主要有以下三点：首先，农村高中进城会造成资源的浪费。农村高中的校舍和硬件设施被闲置或简单处置，本身就让人痛惜。而在城区建设新校或者扩建校舍耗费不菲，在地方财力有限的情况下，如此花费，效益谈不上太高。
其次，农村高中进城会增加农民子弟的求学难度。一方面，在县城、市区读书，交通费、伙食费、住宿费会相应地增加；另一方面，城乡差距会让一些农村学生处于心理“弱势”。且不说城乡学生消费水平的差距会造成部分农村学生心理自卑，单是县城、市区学生由于地域和文化优势而养成的良好语言表达能力和强烈的表现欲，都有可能使得一些农村学生趋于边缘。
再其次，农村高中进城对农村高中所在乡镇、社区的经济、文化和社会事业发展是一种损失。农村高中浓厚的文化氛围、相对先进的思想观念和文明的生活方式，都对所在地周边民众的价值观念和文化生活，起到潜移默化、长远而深刻的影响。将农村高中搬迁进城，不利于乡镇、社区的精神文明建设和民众精神风貌的提升，从某种程度上来说，对社会主义新农村建设也是一种损失。
提升高中办学水平和效益、实现教育公平，并非只有农村学校进城一条路径。即使一些地区经过调研确认实施农村高中进城符合本地实际的，也应该谨慎一些，宜统筹规划，循序渐进，切忌搞成一阵风式的进城运动。
学校教育有其自身规律，教育发展不仅依靠硬件设施的改善，更需要深厚校园文化的积淀。很多农村高中有着几十年甚至上百年的历史沿革，已经形成了鲜明的办学特色，有着稳定的生源和良好的教学质量，在民众心目中有着较高的社会声誉。搬迁这些农村高中必然会影响到镇域经济、社会的健康和谐发展和人民精神文化生活的提高。再者，农村高中集中到城区后，高中学校的规模不可避免地要扩张，个别地方甚至出现了占地上千亩、师生近万人的“巨无霸”学校，学校管理成本加大，难度增加，不利于学校教育教学质量的稳步提高。同时，由于学校数量减少，有时难以形成校际间的良性竞争，易走向更大的失衡。
笔者认为，将优质教育资源向农村适度地转移，更能体现教育公平的理念。地方政府是否可以将用于新建、扩建城区高中的钱反向用之，把这些资金投入到改善农村高中办学条件、提高农村高中教师待遇上。我想当农村高中的办学条件和教师待遇都上去了，不就真正解决了农村高中优质师资流失问题，真正解决了区域教育公平问题吗？在这方面，不少地方作了有益的探索，取得了良好的效果。比如江苏省的很多农村高中就是在当地政府的大力支持和帮助下，步入良性发展轨道，不仅成为当地高中教育的排头兵，还跻身全国名校行列。江苏省上冈高级中学80年育才4万多人，目前是江苏省四星级高中、国家级示范高中；地处三县交界偏僻农村的栟茶中学生源二流、师资一般，却创造了持续多年的一流业绩，让全国同行刮目相看，该校也成为江苏省四星级高中。
因此，笔者建议，与其推行农村高中进城战略，莫若从资金、人员等方面加大扶持力度，尽快促使农村高中发展，形成城乡学校齐头并进、良性竞争的高中教育发展格局，如是岂不更好？
