1、不宜浸种催芽因为种衣剂溶于水后，不但会使种衣剂失效，而且溶水后的种衣剂还会对种子的萌发产生抑制作用。
2、不宜常规发芽率测定因为包衣种子的试芽、测芽试验非常复杂，技术要求较高，并且不易掌握，常规测芽方法不但发不出芽，而且还会使种子丧失使用价值，甚至发生药剂中毒事故。所以使用包衣种子，可不必进行试芽、测芽试验，直接使用即可。
3、不宜与敌稗类除草剂同用先用敌稗除草，必须3天后再播种；若先播种就不要再用此类除草剂。
4、不宜用于盐碱地播种因为种衣剂遇碱即会失效。所以在pH值大于8的地块上不宜使用包衣种子。
5、不宜用于低洼易涝地因为在地下水位高的土壤环境条件下使用，包衣种子处于低氧环境，极易造成包衣种子酸败腐烂，引起缺苗。
